لا يرى د. محمد نايل أن علم الآثار ينتهي عند الاكتشاف، بل يبدأ منه. فالتحدي الحقيقي – من وجهة نظره – هو كيفية الحفاظ على التراث وإعادة تقديمه للأجيال القادمة بأسلوب علمي معاصر.
يمتلك نايل خبرات متعددة تشمل قراءة النصوص الهيروغليفية، وإدارة البعثات الدولية، وتطبيق تقنيات متقدمة مثل LiDAR وGPR وXRF، ما جعله من أبرز الداعين إلى دمج العلوم التطبيقية بعلم الآثار. ويعمل حاليًا على تطوير مشاريع مشتركة مع اليونسكو تهدف إلى حماية المواقع الأثرية من التغيرات المناخية والتعديات البشرية.
كما يضع تدريب جيل جديد من علماء المصريات على رأس أولوياته، مؤمنًا بأن نقل المعرفة لا يقل أهمية عن اكتشافها. فالحضارة المصرية – كما يرى – لا تزال تحمل أسرارًا لم تُكشف بعد، وتحتاج إلى عقول شابة تمتلك أدوات العلم وشغف الاكتشاف.